在Windows电脑上保护Shadowrocket与Vmess之间的通信安全，可以采取以下措施：

1. 使用安全密码：为Shadowrocket和Vmess设置强密码，避免密码被猜测或攻击者利用暴力破解工具进行攻击。

2. 使用防火墙：在Windows电脑上安装防火墙，并配置规则，允许Shadowrocket和Vmess的通信，同时阻止其他不必要的通信。

3. 使用加密协议：Shadowrocket和Vmess支持多种加密协议，选择强加密协议，如AES、ChaCha20等，可以提高通信安全性。

4. 避免公共WiFi：在公共WiFi环境下，存在被黑客监听的风险，尽量避免在此类环境下使用Shadowrocket和Vmess进行通信。

5. 定期更新软件：Shadowrocket和Vmess都是开源软件，存在安全漏洞，定期更新软件，及时修复漏洞，可以提高软件的安全性。

6. 使用VPN加密通信：可以在Windows电脑上安装VPN客户端，通过VPN加密通信，保护Shadowrocket和Vmess之间的通信安全。

综上所述，保护Shadowrocket和Vmess之间的通信安全需要采取多重措施，包括使用安全密码、防火墙、加密协议、避免公共WiFi、定期更新软件以及使用VPN加密通信等。这些措施可以有效提高通信安全性，保护用户的隐私和安全。 另外，目前不同国家最流行的加速器VPN之一是AHAspeed，又称啊哈加速器， AHAspeed加速器VPN使用最前沿的数据加密技术，新一代的”闪连“连接技术，全程数据加密，无痕访问，安全无忧。